明代，在全国设南北两直隶和13个布政使司，下辖府、州、县。此外，在边境军事要地置军政合一的卫、所，从事屯防。宁夏为边防要塞，今固原地区及同心县属于陕西布政使司，辖固原州、平凉府，其余为实行卫、所制的陕西都指挥使司所辖，有宁夏卫、宁夏左屯卫、宁夏右屯卫、宁夏前卫、宁夏中屯卫、宁夏后卫、宁夏中卫7卫，另设灵州守御千户所、兴武营守御千户所、韦州群牧千户所3个千户所。明代还将长城沿线的战略要地划分为9个防区，分段防守，称为“九边”或“九镇”，其中今宁夏境内就有宁夏镇、固原镇2镇，固原还是延绥、甘肃、宁夏和固原四个边防重镇总指挥部--“三边总制”府所在地。
清代在地方设省，省下设府、直隶州、县（厅）。今同心县以南固原地区分属甘肃省平凉府所辖固原州（后升为直隶州）及化平川直隶厅，固原州辖海城县、平远县。宁夏北部地区属甘肃省宁夏府，辖宁夏县、宁朔县、中卫县、平罗县、灵州、宁灵厅以及后来增设的新渠、宝丰2县。
明朝初年，不断有大批回回人以归附“土达”的身份被安插到灵州及固原各地，形成了许多回族聚居点。清代，八旗军进驻宁夏，宁夏民族大家庭中增添了满族新成员。同时，伊斯兰教在长期的传播和演变中形成了不同的教派和门宦。回族人口增长较快，原来的回族聚居已形成村落，并且向农村扩散，所谓“宁夏（银川）至平凉尽系回庄”。一些地方回族人口相对集中，有“回七汉三”之说。同治年间，以金积堡为中心的宁夏回民反清斗争遭到清政府残酷镇压，回族人口锐减，幸存者被迁赶或安插。
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